Titulaire d’une licence en histoire ancienne à la Sorbonne en 1969 et diplômé de l’Institut d’études politiques de Paris en 1971, du Salzburg Seminar in American Studies en 1974 et du Centre de Formation des Journalistes de Paris, François Dupuy travaille comme chargé de recherche au CNRS jusqu’en 1990 au sein du Centre de sociologie des organisations dirigé par Michel Crozier. Il quitte le CNRS pour fonder son cabinet de conseil qui travaille avec des sociologues.
Il a enseigné à l’INSEAD, à Fontainebleau, à la Kelley School of Business sur le campus de l’Indiana University ainsi qu’en Californie, en Chine, en Afrique du Sud, en Belgique et en Uruguay. Il est conseiller académique au Centre Européen d’Éducation Permanente (CEDEP) associé à l’INSEAD.
En 1998, son livre Le client et le bureaucrate, paru en 1995, reçoit le prix Manpower. Il se fait surtout connaître avec son analyse du management dans les ouvrages Lost in management (2011) et La faillite de la pensée managériale (2015).
Depuis 2014, il anime le blog La connaissance sans esprit partisan.
En 2015, il est fait chevalier de la Légion d’honneur.
